自1293年以来，国王桑乔四世批准在阿尔卡拉设立了一个总研究所，阿尔卡拉大学于1499年成立，是西班牙摄政红衣主教西斯内罗斯的一个全新的教育项目。它将那个时代最好的传统模式——巴黎和萨拉曼卡——与其他更具创新性的模式相结合，如博洛尼亚大学和卢浮大学。西斯内罗斯主教希望这所大学能够成为培养能够进行教会改革的正规和世俗神职人员以及西班牙王国所需的新的主管政府官员。这所大学与现代欧洲文艺复兴和人文主义思想的西班牙先锋同时诞生。这项事业的成功使阿尔卡拉成为大学贵族的宝座，使西班牙的黄金时代成为可能。

在十六世纪和十七世纪，阿尔卡拉大学成为主要的学术卓越中心：内布里亚、托马斯·德·维拉努埃娃、吉内斯·德·塞普尔维达、伊格纳西奥·德·洛约拉、多明戈·德·索托、安布罗西奥·德莫拉莱斯、阿里亚斯·蒙塔诺、胡安·德·马里亚纳、弗朗西斯科·德·科瓦鲁比亚斯山谷、胡安德·拉·克鲁斯、洛佩·德·维加和奎韦多等大师在其课堂上任教和学习。它的课程和教师的声望，以及它的创始宪法，为在美国建立新的大学提供了榜样。

十八世纪，尤其是其后期，是西班牙大学学习的一个特别关键的时期，因为他们在教学方法上进行了意义深远的改革。然而，正是在这一时期，梅尔乔·德·乔夫拉诺斯来到这里，并授予西班牙第一位获得哲学博士学位的女性——玛丽亚·伊西德拉·德·古兹曼和德·拉·塞尔达。

十九世纪中叶，由于教堂土地被征用，该大学迁往马德里，之后，康多尼奥斯学会保持了重建阿尔卡拉大学的雄心。1977年西班牙向民主过渡期间，由于阿尔卡拉居民的精神、其过去的声望、历史记忆的恢复以及教育所获得的新动力，阿尔卡拉大学得以重新开放教室。自那时以来，管理者的集体努力和决心已导致其知识、文化和建筑遗产的恢复。该大学独特的模式、其对文学和科学的历史贡献以及其建筑的美丽和丰富，使教科文组织于1998年12月2日宣布阿尔卡拉大学为世界遗产。

今天，阿尔卡拉大学是一所中等规模的现代化大学，被认为是欧洲和美国效仿的典范。除了古典人文研究和社会科学外，阿尔卡拉大学还吸收了所有科学领域最现代的学历，如健康科学和遍布校园的各种工程科学，科技园是其国际形象的决定性因素，也是我们地区商业的促进因素。

该校29000多名学生、1627名教师和研究人员以及762名行政和服务人员参加了38门以上的正式学位课程，以及广泛的研究生和继续教育课程。其公认的研究质量、重要研究领域的发展、国际关系、标志性建筑的艺术历史价值、新的现代化设施以及对当今劳动力市场需求的完全适应，处于公立大学的前列。