学院前身为1952年华东水利学院成立之初设立的水利土壤改良系，是建国后国内最早培养农业水利工程专门人才的系科。先后更名为农田水利工程系、农业水利工程系和现代农业工程系，2006年成立农业工程学院，2009年与水利水电工程学院合并成立水利水电学院。2018年学校根据国家需求和学科特色，重新组建成立农业工程学院。2019年12月底学院更名为农业科学与工程学院。

　　师资队伍

　　学院设有农业水利工程系和水土资源、农业节水、灌排工程、农业环境4个研究所。学院设有农业水利工程本科专业，该专业是国家级特色专业。现有专职教师60人，其中教授18人，副教授26人，入选江苏省“333高层次人才计划”3人、江苏省“青蓝工程”4人，45岁以下中青年教师具有博士学位和海外留学经历的比例均达到92%以上。目前有双聘院士1人、兼职教授15人。

　　学科建设

　　学院现有农业工程博士学位授权一级学科，包括农业水土工程、农业生物环境与能源工程、农业水土资源保护（自设）3个二级学科的博、硕士学位授权点，农业工程学科入选江苏省重点学科，学院同时是土壤学硕士学位和农业工程领域专业硕士学位授权点，并设有农业工程博士后流动站。

　　人才培养

　　学院先后为国家培养了5000余名毕业生，其中中国工程院院士3名，国家级设计大师2名，厅局级领导100余名，以及一大批相关领域的部门领导和技术骨干。为新疆、西藏等地区培养少数民族学生450余名，为亚洲、非洲等许多发展中国家培养留学生200余名。

　　科学研究

　　近5年来，新增科研合同经费9800余万元，获得国家自然科学基金项目26项，国家科技计划项目（课题）7项，省部级科技计划项目20项。获国家科技进步奖1项，省部级科技奖14项，出版专著4部，发表SCI论文152篇，授权发明专利56项。

　　实验平台

　　学院拥有“南方地区高效灌排与农业水土环境”教育部重点实验室、水利部江宁节水园2个省部级科研平台，“水文水资源与水利工程科学国家重点实验室”、“水资源高效利用与工程安全国家工程研究中心”也是本院重要的科研支撑平台，学院拥有完善的本科教学实验室。