北京师范大学系统科学学科建设起步早，并具备了突出的特点和优势。1979年，学校成立了非平衡系统研究所，1985年，创建系统理论专业，开始有目的地投入力量开展系统科学学科建设。三十多年来，北京师范大学系统科学学科已经成为基础坚实、特点突出、实力雄厚，具有较强竞争力和发展潜力的优势学科。1990年，我校成为系统理论首批博士学位授权单位；1998年，建立全国首个系统科学博士后流动站；2000年，取得系统科学一级学科博士学位授予权；2001年，系统理论专业被评为系统科学学科中全国唯一的国家重点学科；2003年，系统科学成为北师大"十五"211工程重点建设项目学科并进入2005年启动的985工程项目建设；2004年，建立复杂性研究中心，在教育部评估中心组织的一级学科评估中，北京师范大学系统科学学科名列全国第一；2007年再一次顺利通过了教育部的重点学科评估。2012年1月，系统科学科学在教育部组织的学科评估中，排列全国第二位。2013年4月，我校建立北京师范大学系统科学学院。2017年9月21日，教育部、财政部、国家发展和改革委员会联合发布《关于公布世界一流大学和一流学科建设高校及建设学科名单的通知》，其中北京师范大学入选国家“世界一流大学”建设A类名单，系统科学学科是北京师范大学入选国家“世界一流学科”建设名单的11个学科之一。