南京大学文学院，前身为南京大学中国语言文学系，是南京大学历史最悠久的系科之一，也是南京大学学术力量最强的系科之一。其历史可追溯到1902年建立的三江师范学堂和1888年美国基督教会在南京建立的汇文书院，当时虽无系的建制，但汇文书院的首任院长福开森先生就是文学士出身，晚清进士出身的两江师范学堂学监（校长）李瑞清先生更是“提倡国学、科学、艺术不遗余力”的教育家。两校把作为中学、国学根基的中国语言学、中国文学规定为所有学生的主要必修课程。后来长期在南京大学中文系任教的著名国学大师胡小石先生、著名戏曲史家陈中凡先生，以及著名国画大师吕凤子先生都是两江师范学堂的毕业生。1912年，国民政府颁布实施“壬子学制”，根据这一学制，1914年在两江师范学堂基础上建立起来的南京高等师范学校正式设置中国语言文学系，这是我国近现代高等教育史上最早建立的中文系之一。

中文系建立的第二年（1915），开始招收本科（4年制）和专科（2年制）学生，后来经历了国立东南大学（1920-1927年）、第四中山大学（1927-1928年）、江苏大学（1928年）、国立中央大学（1928-1949年）几个发展阶段。1949年8月更名为国立南京大学，翌年根据政务院决定，去“国立”而迳称“南京大学”,汇文书院则在1910年与宏育书院合并并改名金陵大学，同年设置中文系宏育书院是由1891年建立的基督书院与1894年建立的益智书院与1906年合并而成。1951年金陵大学与金陵女子文理学院合并为公立金陵大学。1952年全国院系调整时，南京大学的文、理学院与金陵大学的文、理学院合并，奠定了今日南京大学的基础，隶属国家教育部，后属国家高教部，今属国家教委。两校文学院的中文系合并为今日南京大学中文系。2007年，更名为南京大学文学院。

百余年来一批国学大师和著名学者如李瑞清、黄侃、吴梅、方光焘、胡小石、汪辟疆、陈中凡、潘重规、杨晦、唐圭璋、吕叔湘、罗根泽、陈白尘、陈瘦竹、程千帆等先后在本院任教，各层次历届毕业生近万人。