上海交通大学环境科学与工程学科历史可追溯到1928年设置的市政工程专业，曾培养出顾康乐、周文德、顾夏声、胡家骏、徐晓白等一批杰出校友。环境科学与工程学院成立于1999年9月，2001年和2002年获批环境工程博士点和专业学位硕士点，2003年获批环境科学与工程一级学科博士点，依托上海交大在工科、管理、医学等方面的学科基础，经过二十年快速发展，形成了在国内环境学科领域的特色优势，成为国际环境科学与工程领域具有一定影响的教学与科研机构。

为适应我国环境科学和环境保护事业迅猛发展的需要，在教育部、科技部、生态环境部、住建与城乡建设部、上海市等有关部委、地方和兄弟院校大力支持下，学院在师资队伍、人才培养、学科建设、科学研究、国际合作、社会服务等方面取得了重要进展，现已形成流域水污染控制与修复、大气科学与区域污染控制、固体废物处理处置与资源化、土壤与地下水污染修复、环境功能材料、资源环境管理及应对气候变化、环境与可持续能源、生态毒理与环境健康等特色研究方向，组建了一支优秀的师资队伍，培养了一大批环境保护科学研究、工程技术人才，取得了一系列有影响的科技成果，多项咨政建言被政府采纳，为国家重大战略需求和地方环境保护提供智力支持与人才支撑。